Michael Weingarten studierte Philosophie, Literaturwissenschaft, Politik und Soziologie in Marburg und Frankfurt/Main; 1989 promovierte er in Philosophie zu Grundproblemen der Evolutionstheorie. Seit 1989 ist er Lehrbeauftragter im Fach Philosophie an der Universität Marburg. Von 1980 bis 1999 war er in der Arbeitsgruppe Kritische Evolutionstheorie am Forschungsinstitut Senckenberg tätig. 2002 war er wissenschaftlicher Leiter des TheorieLabors an der Universität Jena. Seit 2004 hält er auch eine Lehrstuhlvertretung an der Universität Stuttgart.

In seinen Projekten in Frankfurt/Main, Stuttgart und Marburg arbeitet Michael Weingarten zu Grundlagenproblemen der Biologie. Zu seinen Arbeitsschwerpunkten gehören Wissenschaftstheorie und Wissenschaftsgeschichte der Biowissenschaften, hermeneutische Logik und Sozialphilosophie. Außerdem ist er Mitherausgeber der Zeitschrift Theory in Biosciences, des Jahrbuches für Geschichte und Theorie der Biologie sowie der Studien zu Theorie der Biologie. Zu seinen Werken gehört Wissenschaftstheorie als Wissenschaftskritik (zusammen mit Peter Janich).