Seine akademische Laufbahn begann Ulrich Knefelkamp mit dem Studium der Geschichte, Kunstgeschichte, Volkskunde an der Universität Würzburg von 1973 bis 1975. Im Jahr 1975 wechselte er an die Universität Freiburg, wo neben Geschichte, Kunstgeschichte und Volkskunde außerdem Völkerkunde, Medizingeschichte und Geographie studierte. Promoviert hat Ulrich Knefelkamp 1980 in Geschichte, Volkskunde und Völkerkunde zum Dr. phil. sowie 1985 in Völkerkunde und Volkskunde zum Dr. rer. nat. In Bamberg war Knefelkamp als Assistent am Lehrstuhl für Geschichte des Mittelalters von 1980 bis 1988 tätig. 1987 erfolgte die Habilitation in Mittlerer und Neuerer Geschichte mit einer Arbeit über das Heilig-Geist-Spital in Nürnberg vom 14. bis 17. Jahrhundert. Nach verschiedenen Lehrstuhlvertretungen in Heidelberg, Bamberg, Oldenburg und Jena sowie Oberassistenzen in Bamberg in den Jahren von 1988 bis 1994 lehrt der Historiker seit 1994 als Professor für mittelalterliche Geschichte Mitteleuropas und regionale Kulturgeschichte an der Europa-Universität Viadrina.

Neben der Sozialgeschichte gehört die Medizingeschichte zu seinen Forschungsschwerpunkten, insbesondere die Stadt sowie die städtischen Bevölkerungsgruppen, die Geschichte der Seuchen, die Geschichte der mittelalterlichen Wissenschaften, die Frauen- und Geschlechtergeschichte sowie die Entstehung der europäischen Identität und Kultur. Knefelkamp publizierte u.a zur Hospitalgeschichte.