Hans-Otto Keunecke studierte Germanistik, Geschichte und Geografie an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen Nürnberg, welches er 1973 mit dem Staatsexamen für das Lehramt an Gymnasien abschloss. Nach seiner Promotion über das Thema „Die Münzenberger. Quellen und Studien zur Emancipation einer Reichsdienstmannenfamilie“ trat Keunecke in den höheren Bibliotheksdienst ein. Sein Referendariat absolvierte er an der Bayerischen Bibliotheksschule in München sowie an der Universitätsbibliothek Erlangen-Nürnberg. In letztgenannter trat er 1978 als Fachreferent für Geschichte und Kunstgeschichte seinen Dienst und wirkte an dieser 31 Jahre bis zum Eintritt in den Ruhestand am 31. Juli 2009. Nach seinem Amt als Leiter der Handschriftenabteilung wurde er 1997 zum Direktor bestellt. Von 1994 bis 2006 war er zugleich Direktor der Staatlichen Bibliothek Ansbach.

Das besondere Interesse Keuneckes galt den Altbeständen an Handschriften, Inkunabeln und Sondersammlungen. Im Mittelpunkt hierbei standen die Neuerwerbung und damit eingehend die Abrundung der Bestände, die vertiefende Erschließung, z.B. der Münz- und Porträtsammlung, sowie die Ausstellungstätigkeit.

Während seines zwölfjährigen Wirkens als Direktor der Universitätsbibliothek Erlangen-Nürnberg war die Bibliotheksarbeit von Phasen eines grundlegenden Wandels geprägt; beginnend von der Automatisierung von Abläufen bis hin zum Auf- und Ausbau digitaler Informationsangebote für Wissenschaftler und Studierende.

Keunecke betreute über viele Jahre die Publikationsreihen „Erlanger Forschungen“ (seit 1979) und „Kleine Schriften zu Kultur und Geschichte der Friedrich-Alexander-Universität“ (seit 2005). Seine Werke umfassen u.a. „450 Jahre Reformation in Erlangen“ (Erlangen 1978), „Luther in Erlangen“ (Erlangen 1983) und „Mäzenatentum und Stiftungen an der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen 1743-1810“ (Erlangen 2007).